Narodil se v roce 1871 v Brně. Roku 1890 absolvoval praxi v pražské projekční kanceláři inženýra Freyna. Odkud v roce 1894 odchází na další studia na vídeňskou Akademii výtvarných umění od roku 1894, kde poznává mnoho významných architektů, jako byli Jožo Plečnik, Josef Hoffmann, Josef Urban či Adolf Loos. Roku 1897 získal prestižní Římskou cenu spojenou se stipendijním pobytem v Pallazo Venezia v Římě. Po návratu z Itálie začal učit na pražské uměleckoprůmyslové škole, kde k jeho žákům patřil například Josef Gočár. V roce 1910 byl jmenován profesorem speciální školy architektury na Akademii výtvarných umění v Praze. Jako pedagog vychoval řadu špičkových českých architektů.

Na počátku své tvorby je Kotěra ovlivněn secesí a vytváří tak krásné stavby s množstvím ornamentálních motivů. V pozdějším období jsou jeho stavby více účelné, ale nepostrádají pro Kotěru tolik typickou výtvarnou kvalitu, barevnou pestrost a neotřelou nápaditost. Ve svých dílech vkusně spojoval architekturu se sochařstvím a malířstvím, jeho stavby se řídí výtvarnou logikou a tvarovou pestrostí. Typickými znaky jeho staveb jsou asymetrická ale vyvážená kompozice, zdůrazněná tektonika a časté využití neomítnutého režného zdiva.

Kotěra však nebyl pouze výborný stavitel a architekta. Vynikal také v grafice a akvarelu, což je často vidět i na nákresech jeho projektů.

Přestavba Červeného Hrádku u Sedlčan (1895)
Peterkův dům na Václavském náměstí v Praze (1899–1900)
Pavilon SVU Mánes v Praze (1902)
Suchardova vila v Praze Bubenči (1905)
Národní dům v Prostějově (1905–1907)
Vodárna s věží v Praze Michli (1906–1907)
Klausova vila v Praze Bubenči (1907)
Vila v Holoubkově (1907)
Muzeum v Hradci Králové (1906–1912)
Laichterův dům v Praze Vinohradech (1909)
Villa Bianca v Praze Bubenči (1910)
Grandhotel a Okresní dům v Hradci Králové (1911)
Urbánkův dům (Mozarteum) v Praze (1911)
Banka Slavia v Sarajevu (1911–1912)
Lembergr-Gombrichův palác ve Vídni (1913–1914)
Vlastní Kotěrova vila v Praze na Vinohradech (1908–1909)
Trmalova vila ve Strašnicích (1902–1903) - dnes Kotěrovo centrum
Vila Tomáše Bati ve Zlíně (1911)
Kiosky na Pražském mostě v Hradci Králové (1912)
Vila továrníka Mandelíka v Ratboři (1911-1913) - dnes Hotel Kotěra
Právnická fakulta Univerzity Karlovy v Praze (1914)